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Ecological Metadata Language

OBIS (とGBIF) はメタデータ規格としてEcological Metadata Language (EML) を用いています。EMLは地球・環境・生態分野に特化して開発されたもので、アメリカ生態学会によって先駆的になされた成果に基づいています。EMLはXMLとして実装されています。詳しくはEMLをご確認下さい。

OBISはGBIF EML profile (version 1.1) を採用しています.データ提供者がISO19115/ISO19139を用いている場合、こちらのマッピングが使用できます。

以下の4項目が最低限必要です:TitleCitationContactAbstract。以下に、データセットを記述するための全EML項目の概要を示します。

  • alternateIdentifier:EMLに対するユニバーサルユニークID (UUID) であり、データセットのUUIDではありません。この項目は任意です。
  • title [xml:lang="..."]:適度に記述的なタイトルによってユーザーに価値のある情報を提示し、データを発見しやすくします。複数の言語の場合は複数のタイトルとなります (“xml:lang”は、言語が英語 (/en) でない場合の言語指定に用いてください) 。データ提供者はIPT用のShortnameを決める必要があります。ShortnameはIPT内におけるリソースの識別子となり、インターネットを介してリソースにアクセスするためのURLのパラメータとして用いられます。英数文字・ハイフン・アンダースコアのみを使用して下さい。例えば、largenet_imはhttp://ipt.vliz.be/eurobis/resource?r=largenet_imとなります。
  • creatormetadataProviderassociatedPartycontact:これらはデータセットリソースに責任を持つ人および組織であり、キュレーター・メタデータ提供者・連絡先のいずれかです。以下の詳細項目が必要です:
    • individualName
      • givenName
      • surName
    • organizationName: 組織名称
    • positionName: 個人名の代わりとして用いることができます (individualNameを空白にした場合は、代わりとしてpositionNameを埋めてください。例えばデータ管理者)
    • address
      • deliveryPoint
      • city
      • administrativeArea
      • postalCode
      • country
    • phone
    • electronicMailAddress
    • onlineUrl: 個人的ウェブサイト
    • role: 関連する人物や組織の役割はassociatedPartyに記述してください
    • userID: 例えば ORCIDなど
      • directory
  • pubDate: 当該リソースが公開された日付ISO 8601を用いてください。
  • language: 当該リソース (メタデータ自体ではなく) で用いられた言語。ISO language codeを用いてください。
  • abstract: 当該データリソースの簡潔な内容
    • para
  • keywordSet
    • keyword: キーワードファイルにつき、一つのキーワードのみ可である事に注意してください。
    • keywordThesaurus: 例えば、ASFA
  • additionalInfo: OBISはこのEML項目をハーベスティング時に確認します。ここに”marine, harvested by iOBIS”が含まれている必要があります。
    • para
  • coverage
    • geographicCoverage
      • geographicDescription: エリアを表す短いテキスト。例えば、”the river mounth of the Scheldt Estuary”。
      • boundingCoordinates
        • westBoundingCoordinate
        • eastBoundingCoordinate
        • northBoundingCoordinate
        • southBoundingCoordinate
    • temporalCoverage: Use ISO 8601
      • singleDateTime
      • rangeOfDates
        • beginDate
          • calendarDate
        • endDate
          • calendarDate
    • taxonomicCoverage: データセットに関する分類学的情報。種名リストを含む事も可
      • generalTaxonomicCoverage
      • taxonomicClassification
        • taxonRankName
        • taxonRankValue
        • commonName
  • intellectualRights: 知的財産権・版権・様々な権利についての言明。OBISにおけるデータの共有と利用に関するガイドラインも参照してください。
    • para
  • purpose: データセットの目的に関する記述。
    • para
  • methods
    • methodStep: 手順、関連文献、ソフトウエア、機材、ソースデータ、用いた品質管理手法、に関する説明
    • sampling: 地理的、時間的、分類学的研究範囲をふくむサンプリング手順の説明
    • studyExtent: 特定のサンプリングエリア、サンプリング頻度 (時間的区切り、出現頻度) 、採集した生物 (分類学的範囲) のまとまりの説明
    • samplingDescription: 雑誌のメソッド部分に類するサンプリング手順の説明
      • para
    • qualityControl: methodStepに関連するデータの管理またはアクセスについて採用した行為の説明
  • project
    • title
    • identifier
    • personnel: この項目は、研究プロジェクトに関係するメンバーについて、連絡先やプロジェクトにおける役割を記述するために用います。
    • description
    • funding: この項目は、助成金および助成金番号、財源の名称および連絡先といった、当該プロジェクトの財源についての情報を提供します
      • para
    • studyAreaDescription
    • designDescription: 研究のデザインについての説明
  • maintenance
    • description
      • para
    • maintenanceUpdateFrequency
  • additionalMetadata
    • metadata
      • dateStamp: ISO 8601
      • metadataLanguage: メタデータ文書 (メタデータが記述している当該リソースではなく) が書かれた言語
      • hierarchyLevel
        • citation: 当該データセットを引用する際に用いる、単一の引用表記。IPTは人物名・タイトル・組織・オンラインURL・DOIなどのメタデータをもとに引用表記を自動生成できます。
        • bibliography: データセットにおいて用いた、あるいは、関係する文献に関する参考文献リスト
        • resourceLogoUrl: データセットに関係するロゴのURL
        • parentCollectionIdentifier
        • collectionIdentifier
        • formationPeriod: コレクションが収集された時間期間の説明文。例えば、 “Victorian”、“1922 - 1932”、“c. 1750”
        • livingTimePeriod: 生物学的素材が生きていた時間期間 (古生物学的コレクション用)
        • specimenPreservationMethod
        • physical
          • objectName
          • characterEncoding
          • dataFormat
            • externallyDefinedFormat
            • formatName
          • distribution: URLリンク
            • online
              • url function="download"
              • url function="information"

EML作成シナリオ

Title:タイトル

タイトルが難解で、データ提供者のみが理解可能な場合がよくあります。ほとんどの場合、元々提供されたタイトルが略号表記であったり、完全なタイトルの通称であったりします。しかし、膨大なデータセットを有する巨大データシステムにおいて有用であるためには、タイトルは可能な限り完全で、十分に記述的である必要があり、それにより迅速な選択が容易になります。タイトルを変更すべきと考える場合は、データ提供者に対して、より記述的なタイトルに関する提案を行ってください。既にデータセットが他の場所において公開されている場合 (公的に利用可能な場合) 、同一のタイトルを保持する必要があります (たとえ、そのタイトルが標準的な仕様と合致していなくても!) 。既に公開されているデータセットのタイトル変更は、混乱の原因となり、後々のデータセットの重複をもたらす可能性がありますので、行ってはいけません。
アクロニムや通称タイトルはメタデータに記述できますので、完全なタイトルと略記または通称とを如何に紐付けるかについて迷う必要はありません。

[注意!]提供されたタイトルをより理解しやすく記述的なタイトルに変更使用とするときは、常にデータ提供者に連絡してください。

受け取った時のオリジナルタイトル         ノード管理者が推奨するタイトル
------------------------------         ---------------------------------
BIOCEAN                                BIOCEAN database on deep sea benthic fauna
Biomôr                                 Benthic data from the Southern Irish Sea from 1989-1991  
Kyklades                               Zoobenthos of the Kyklades (Aegean Sea) 
REPHY                                  Réseau de Surveillance phytoplanctonique

Abstract:アブストラクト

データセットの記述またはアブストラクトは当該データセットの内容に関する基礎的情報を提供します。この情報はデータをよりよく理解し、解釈する際に役立ちます。description項目においては、当該データセットがより大きなデータセットの一部であるか否かを明示することが推奨されます。また、もしそうである場合は、上位のメタデータおよびデータセットへのリンクを提供してください。

データ提供者もしくはOBISノードが二言語または多言語入力を希望する場合は (例えば、国家的な義務によって) 、以下の手順に従うことが出来ます:

  • メタデータ言語としてenglishを選択する
  • 英語の記載を最初に入力する
  • スラッシュ (/) を入力する
  • 第二言語で記述を入力する

事例

The Louis-Marie herbarium grants a priority to the Arctic-alpine, subarctic and boreal species from the province of Quebec and the northern hemisphere.
This dataset is mainly populated with specimens from the province of Quebec. / L’Herbier Louis-Marie accorde une priorité aux espèces arctiques-alpines,
subarctiques et boréales du Québec, du Canada et de l’hémisphère nord. Ce jeu présente principalement des spécimens provenant du Québec.

People and Organizations:人および組織

EMLにおいては記述すべきいくつかの役割があります:contactcreatormetadata providerassociated party.

contactとは、当該リソースについてより詳しい情報を知ろうという問い合わせを受けるべき立場の人または組織です。すなわち当該リソースのキュレーターあるいは、当該リソースまたはデータに付随して生じ得るかもしれない問題を取り扱う人物です。

OBISは、”point of contact”の情報を提供することを推奨しています。いくつかの項目は必須ではありませんが、OBISはそれら全て、特にcontact personのe-mailアドレスを埋めることを強く推奨します。この情報はOBISメタデータページ上に問い合わせ情報として表示されます。

associated partiesとしてあり得る役割:

  • Custodian steward:管理者 (データペーパに責任を持つまたは担当する、人物/組織)
  • Owner:所有者 (データを所有する人物/組織-管理者と同一である場合もあれば、そうで無い場合もある)
  • Point of contact:連絡先 (当該データセットのより詳細な情報の問い合わせ先となる人物/組織)
  • Principle investigator:代表研究者 (いわゆるPI、データセットに関係する科学的な問い合わせに関する代表)

creatorは当該リソースの作成に責任を持つ人物または組織です。creatorが複数いる場合、もっとも責任ある人物がresource creatorです。その他の人はassociated partiesに”originator”または”content provider”として記入してください。

あり得る役割:

  • Originator:オーガナイザー (データセットを元々集約または準備した人物または組織)
  • Content provider: (データセットの内容に貢献した主たる人物または組織)

contactcreatorが同一の場合、IPT上で簡単に情報を複製できます。

The metadata providerはリソースのメタデータの提供に責任がある人物または組織です。メタデータがオリジナルのデータ提供者によって提供されている場合、当該人物の連絡先の詳細が記入されます。利用できるメタデータが無い場合 (例えば、連絡先がない歴史的なデータセット) 、メタデータはOBISノードマネージャーが完成させます。この場合、OBISノードマネージャーがメタデータ提供者になります。

Associated Partiesは当該リソースに関係する一つまたは複数の人物または組織についての情報を含みます。もし、複数の連絡先またはメタデータ作成者がいる場合、それらはこのセクションに追記されます。しかしながら、主要な連絡先/作成者はBasic Metadataセクションに記入する必要があります。付加情報における混乱や重複を避けるために、このセクションはBasic Metadata pageとともに完成させることが推奨されます。

Note:データセットのownerは多くの場合、機関であり、個人でないでしょう。”last name”、”first name”、”position”が必須項目になっていますが、”owner”に機関名を入れるだけでも問題ありません。

Coverage

Geographic Coverage:地理的範囲

IPTでは範囲指定ボックスに座標を入力したり、地図上でマーカーをドラッグしたりすることで、地理的範囲をIPT上で入力できます。description項目には、サンプルが採集された場所の、より大きな地理的空間を示す説明文を記入することができます。後者に対して、サンプリング地点はマップ上にプロットすることが出来ます (Gazetterの使用により) 。より広い地理的空間は、例えば以下から得られます:排他的経済水域 (EEZ) 、国際水路機関 (IHO) 、FAO漁場、大規模海洋生態系 (LME) 、世界の海洋生態域 (MEOW) 。Marine Regions’ Gazetteerは関連するほとんどの海域を定義する有用なオンラインツールです。地理的な位置をそれらの地理的空間名称に変換するLifeWatch Geographical Servicesも使用できます。
このセクションの情報は、OBISノードマネージャーがデータの地理的品質を管理する際に助けとなります。地理的範囲が例えば”North Sea”である場合、データのいくつかが当該領域の外に位置するとき、データ提供者にはエラー確認の問合せがあります。

データが二つの場所から生成されているとき、座標レベルで分けて明示することはできません。例えばNorth SeaとMediterranean Seaからのサンプルの場合、当該事項はこのセクションのgeographicDescription項目に明確に記述する必要があります。

Taxonomic Coverage:分類学的範囲

このセクションでは二つを取り扱います

  • データセットまたはコレクションで取り扱う分類群の範囲の記述。OBISは、データセットに含まれているグループ (例えば、Bivalvia、Cetacea、Aves、Ophiuroidea) の界、綱、目といった高次分類群のみを入力することを推奨します。データ提供者は、この手のリストは簡単に思いつくでしょう。分類学的範囲は必須項目ではありませんが、ここに格納された情報は基礎情報として非常に有用になり得ます。ここの記述では、例えばbenthic foraminifera、musselsといった一般名を含めることができます。
  • データセットが含む全て分類群の概要 (非推奨。全ての分類群はデータセットにおいてリストアップされているので) 。

OBISは対象とする分類群に関する情報を記述的にタイトルとアブストラクトに含める事を推奨しています。

Temporal Coverage:時間的範囲

Temporal coverageは日付の範囲で、それらは簡単に記述できます。単一の日付の場合、start dateとend dateは同一になります。ここに付与された情報は、データセット内における日付データの確認時に使用されます。

Keywords:キーワード

関連キーワードはデータセットの検索を容易にします。代表的機能グループ (プランクトン、ベントス、動物プランクトン、植物プランクトン、マクロベントス、メイオベントス) の明示は一般的検索において役に立ちます。それらのキーワードは分類学、生息場所、地理に関連するほか、ASFA thesaurus、CAB thesaurusGCMD keywordsといった語彙集からの関連キーワードもあり得ます。

分類学および地理については前のセクションの対象ですので、キーワードを繰り返す必要はありません。どういった関連キーワードを割り当てるかについてはデータ提供者と相談してください。

Project:プロジェクト

データセットが特定のプロジェクトの成果の場合、プロジェクトに関するメタデータはここに記述します。ここに入力された情報の一部は、他のメタデータセクションの情報と部分的に重複する可能性があります (例えば、研究エリアの説明は地理的範囲セクションとだいぶん類似します) 。このことは、問題ではありません。

Sampling Methods:採集方法

EMLはサンプリング方法やデータ処理方法の記述を含む事ができます。OBISとしては、サンプリング事実についてはextended MeasurementorFact extensionに含められ、それらはEventCoreにおけるサンプリングイベントにリンクされる状態が最良です。

Citations:引用表記

引用表記は、出版物や他の利用において当該データセットを適切に引用する事を可能にします。データセットの引用は紙媒体の出版物の引用と同様に取り扱う必要があります。理想的には、引用表記にはデータセットのタイトル、著者 (データ管理者、保管者、採集者、、、) およびデータを保有する機関名称が含まれます。

GBIF IPTは利用者のリソースについての引用表記を自動で生成するツールがあります。当該引用表記にはバージョンナンバーが含まれます。バージョンナンバーはデータセットが継続的に更新される場合に特に重要となります。このデータセットの引用表記はCitation Identifier (DOI、URI、他の永続的識別子) が含まれます。

OBISのノードマネージャーはこれら引用表記のフォーマットについてある程度統一するようにすべきです。バージョンナンバーが引用表記に含まれる場合、混乱を避けるために”version”と完全に書かれるべきです。
引用表記事例:

  • Gambi, C. & Danovaro, R. (1992) . Meiofauna of the Ligurian Sea. Polytechnic University of Marche, Faculty of Sciences, Department of Marine Sciences, Italy.
  • MarBEF (2005) . Macroben, an integrated database on benthic invertebrates of European continental shelves. http://www.vliz.be/imis/imis.php?module=dataset&dasid=631
  • Fish trawl survey: Irish ground fish survey. ICES Database of trawl surveys (DATRAS) . The International Council for the Exploration of the Sea, Copenhagen. 2010. Online source: http://ecosystemdata.ices.dk.
  • Campana, S., Joyce, W. OTN/DFO Maritimes Spiny Dogfish Tagging. In: OTN digital collections.
  • Pezzack, L. 2004. Nova Scotia Museum of Natural History - Marine Birds, Mammals and Fishes. Nova Scotia Museum of Natural History Digital Collections. OBIS Canada, Bedford Institute of Oceanography, Dartmouth, Nova Scotia, Canada, Version 1.
  • Nancy Jacobsen Stout, Linda Kuhnz, Lonny Lundsten, Kyra Schlining, Susan von Thun, (2002) Video Annotation and Reference System (VARS) database, Year 2000, Monterey Bay Aquarium Research Institute, Moss Landing, California USA, Database, www.mbari.org/vars

Bibliography

EMLは当該データセットに関係する出版物の引用を含む事ができます。科学的な論文、レポート、博士論文、修士論文、などがあり得ます。可能であるなら、DOIを末尾に付け加えてください。
それらの出版物は、データに関してやデータがどのようにして得られたのかに関しての重要な情報を持つことから、データを詳しく知る助けとなります。

Collection Data

このセクションは、博物館に保管されている標本がある場合に埋めてください。必要に応じて、データ提供者によって情報が提供されるか、もしくは空白のままにしておくことが強く推奨されます。

External Links:外部リンク

このセクションにはリソースについての付加的情報を見つけ、ダウンロードするためのリソースホームページへのURLが入ります。

OBIS上のデータセットへのリンクの必須項目は下記の通りである必要があります:

  • Name: online dataset
  • Character set: UTF-8
  • Data format: html

他のリンクを加える場合、webベースのデータフォーマットは“html”です。リンクがファイルを参照している場合、そのファイルのデータフォーマットも記入する必要があります (例えば、excel、Access、、、) 。すべてのDwCファイルの文字セットはUTF-8です。ただし、他のウェブページの文字セットは異なることがあり得ます。

Additional Metadata:追加的メタデータ

OBISがデータセットを回収するために、additionalInfoに“marine, harvested by iOBIS”を入れてください。これは、GIBFにのみ届けられるべきnon-marineのデータセットを取り扱っているOBISノードにとってきわめて重要です。

ライセンスと知的財産

推奨されるライセンスはクリエイティブコモンズライセンス (CC-0、CC-BY、CC-BY-NC) です。このライセンスの簡単な説明は下記の通りです:

  • あなたは以下の行為を自由におこなうことができます:
    • 共有=> データベースの複製、頒布、利用
    • 創作=> データベースから著作物を製作
    • 翻案=> データベースの改変、変形、構築
  • CC-0 (パブリックドメイン) public domain:CC-0はOBIS運営グループにおいて理想的な選択肢とされています。このライセンスではデータ (データセット) に対して持ち得るいかなる権利も放棄し、共有財産に献呈しています。データの利用 (誤った利用) に対して責任をもちません。CC-0は当該ソースの引用をデータ利用者に法的には要求しませんが、科学研究における慣例にみられるような出典を示すという道義的責任を減じるものではありません。
  • CC-BY (表示) Attribution:このライセンスにより、データベースから派生したデータベースもしくは著作物の利用に際し、適切なクレジットを表記しなくてはなりません。データベースの利用・再配布、もしくはデータベースからの著作物に対して、データベースのこのライセンス権の範囲と、オリジナルデータの範囲を明確にしなければなりません。
  • CC-BY-NC (非商用) non-commercial:CC-BYと似ていますが商用的な利用は許可されません。このライセンスはデータが科学雑誌において再利用される時に問題となる事があります。
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