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分類学的な品質管理のための学名照合

現時点でOBISは3つの分類群リストを用いています:World Register of Marine Species (WoRMS) 、Integrated Taxonomic Information System (ITIS) 、Catalogue of Life (CoL) 。Interim Register of Marine and Nonmarine Genera (IRMNG) は淡水性種から海洋性種を判別するために用いられます。

OBISノードマネージャーは、データセット内の全ての学名が以下の名称照合ワークフローに従う事に合意しています。

ステップ1:WoRMSとの照合

WoRMSの分類群照合ツールはhttp://www.marinespecies.org/aphia.php?p=matchで利用できます。WoRMSの分類群照合では、照合したい分類群リストとWoRMSにおける分類群とを比較します。

この分類群照合は、厳密な照合と、表記揺れを含む照合を考慮しています。後者は、WoRMSで利用可能な分類群名と照合した場合に候補となり得る綴り変異になります。WoRMSは曖昧な照合も行え、いくつかの照合オプションが利用可能です。ユーザーはそれらの曖昧照合結果を確認し、正しい一つを、たとえば、一般的なグループ情報 (海綿データセット) や命名者に基づいて、選ぶことが出来ます。利用可能な情報を基にしても同定出来ない場合 (例えば、命名者がない、非常に多様な分類群を含むデータセットであるとか) 、OBISノードはデータ提供者に確認を取る必要があります。

実行上の理由から、上限は5000行に制限されています。大きなファイルの場合はinfo@marinespecies.orgに送ることができ、その場合は、可能な範囲ですぐに返信があるでしょう。

照合ののち、ツールは、AphiaID、LSID、有効名、命名者、分類階級、その他自身で選択した他の出力値を加えたファイルを出力します。WoRMS LSIDはDwCのscientificNameIDとして用いられます。

完全なオンラインマニュアルはhttp://www.marinespecies.org/tutorial/taxonmatch.phpで利用できます。

ステップ2:他の学名目録との照合

LifeWatch taxon matchは、あなたの分類群リストを複数の分類群スタンダードと比較します。複数の目録との照合により、正しい学名の綴りが提示されます。学名がいずれの目録にもない場合、その学名は何らかの誤りを含む可能性があります。その学名はデータ提供者に差し戻され、追加の確認/検証が必要になります。

WoRMSとは異なり (WoRMSではいくつかの照合オプションが使えますが) 、LifeWatchではそれらのオプションリストの変わりとして「完全一致はありませんでした。複数の候補があります。」とだけ表示します。複数のオプションが使える場合、それらを探し、手作業で照合する必要があります。

現在、このwebサービスは学名を以下の分類群目録と照合します:

  • World Register of Marine Species - WoRMS
  • Catalogue of Life - CoL
  • Integrated Taxonomic Information System - ITIS
  • Pan-European Species-directories Infrastructure - PESI
  • Index Fungorum - IF
  • International Plant Names Index - IPNI
  • Global Names Index - GNI
  • Paleobiology Database - PaleoDB

ステップ3:海産の分類群か?

Interim Register of Marine and Non-marine Genera (IRMNG) はhttp://www.irmng.org/から、またはLifeWatch taxon matchからも利用可能です。

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