The OBIS manual

J-OBIS事務局訳(2017/09/11)
オリジナルはこちら

このマニュアルは、OBISへのデータ提供方法と、OBISデータへのアクセス方法を提供します。また、このマニュアルは、OBISノードとデータ提供者に対して、OBISスタンダードに関するガイドラインおよびデータ管理の最良事例を提供します。このマニュアルは、さらにデータ利用者に対し、OBISからのデータにアクセスし、処理し、可視化する方法を提供します。OBSIノードマニュアルは動的な文章であり、定期的に改定されます。この文章に関するご提案はOBISの能力開発チームにメールでtraining@iobis.orgまでお願いします。

目次

謝辞

このマニュアルはIODE Steering Group for OBISの監修のもと、Leen Vandepitte氏、Mary Kennedy氏、Philip Goldstein氏、Pieter Provoost氏、Ward Appeltans氏による多大な貢献により執筆されました。

OBISのデータ利用と共有に関するガイドライン

データ提供者とデータ利用者はOBISデータポリシーを認識し、同意している事が重要です。データポリシーは、第4回OBIS運営会議で採択されました。

OBISにデータを提供するには?

データ提供者またはOBISノードになるには

OBISは、提供を希望されれば、いかなる組織、コンソーシアム、プロジェクト、個人からのデータでも受け入れます。OBISのデータソースとは、OBISを通じてデータセットを公開する著者・編集者・組織です。彼らこそがデータの所有者または管理者であり、OBISではありません。しかしながら、OBISはOBISノードからのみデータを取得します。もし、データを所有し、OBISとデータを共有する権利を保持している場合、OBIS事務局またはいずれかのOBISノードに連絡して下さい。組織やプログラムもOBISノードになることが出来ます。

生物多様性データの規格

開始当初より、OBISは生物地理情報のための国際標準規格の利用を支持しています。標準規格とプロトコルの適用なしでは、OBISは大きなデータベースを構築することは出来ませんでした。OBISは以下の標準規格を使用しています:

データの公開と共有

OBISノードは、データ提供者から提出されるいかなるデータファイルも受け入れることができ、それらは、それぞれのOBISノードのIPT上で公開され、OBISによってハーベスティングされます。Integrated Publishing Toolkit(IPT)は地球規模生物多様性情報機構(GBIF)によって開発・維持されています。GBIFはIPT manualを整備しています。OBIS向け解説はこちらを参照して下さい:

OBISデータの品質管理手順

OBISは、標準規格に適合していないデータは受け入れません。例えば、全ての種名はWoRMSなどの信頼できる分類群目録と照合済みである必要があります。加えて、品質管理として、OBISの必須項目に対してだけでなく、許容されない値のチェックも行われます。OBISは、データの確認・拒否、および、OBISノードへの報告は行いますが、レコードの変更は行いません。OBISのTier2ノードがデータ品質管理に責任を持ち、データ提供者とやりとりを行います。いくつかの品質管理ツールが、データ提供者やOBISノードのために開発されています。

OBISのデータにアクセスするには?

OBISは、海洋生物が「いつ」「どこで」で記録されたのかについての情報をふくむ多数のデータセットを提供します。それらのデータセットは統合されており、種名、高次分類群レベル、地理的な領域、深度および時間で継ぎ目なく検索することができ、地図に表示でき、関係する場所の環境データを見つけることが出来ます。OBISポータルは、研究者、水産科学者、水産資源管理者、政策立案者、教育者、ナチュラリスト、環境NGO、コンサルタント、自然保護組織、そして学生と言った広い範囲のユーザーを対象にしています。

OBISデータにアクセスする方法には以下があります:

OBISからのデータを処理し視覚化するには?

OBISのR-packageが統計解析のために使用する事が出来ます。加えて、OBIS mapperが使用でき、OBISデータを分析し視覚化するためのGISツールも使用できます。

Rの導入

RはOBISデータにアクセスし処理するために非常に便利なツールです。そして、OBISへのデータセットの準備においても非常に便利なツールです。