Data on coral species occurrences in Japan since 1929

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Mots-clé

Occurrence; biodiversity; climate change; Japan; marine ecosystem; zooxanthellate coral

Contacts

Couverture géographique

Japan

Couverture taxonomique

4 family and 86 genus of coral species

Couverture temporelle

Méthodes d'échantillonnage

We extended the literature compilations of Yamano et al. (2011) and Hongo and Yamano (2013) to cover the entire distributional range of corals in Japan. We also collected data that had been published after Yamano et al. (2011) and Hongo and Yamano (2013) constructed their database. We selected publications containing extensive species lists that presumably included occurrences at the study sites.

Description des étapes de la méthode:

1. We developed a workflow to synonymize and confirm the species names that were collected from the original literature. Some of the literature includes Japanese names only. We thus followed three procedures to obtain the original scientific species names from the Japanese names. In cases in which the Japanese name was used for only one species, we simply converted it to the scientific name of the species. When the Japanese name (e.g., Kikumeishi) was used for both species and genus names, we assigned the Japanese name to open nomenclature within the genus (e.g., Favia sp.). If the Japanese name was used for multiple species, we searched other literature by the same author that included both Japanese and scientific names of the species, or we looked for records of species occurrences in adjacent areas to find the scientific name of the species to obtain a single species name. If no information was obtained despite these efforts, we assigned the Japanese name to open nomenclature within the genus.
2. The original species names were compared with those registered in the World Register of Marine Species (WoRMS 2022; Hoeksema & Cairns, 2019), after correction of typographic errors as necessary. WoRMS contains the most recent systematics, and the original names were revised to synonymized species names. However, corals occurring in temperate areas have not been considered adequately in WoRMS, which is based mainly on examination of tropical coral species. We thus carried out further investigations to confirm the species names, primarily following Sugihara et al. (2015), who described the coral distribution in Japanese temperate waters in detail, as well as using photographs and distributional characteristics from the original literature and our own field survey. Other revisions were performed by referring to recent systematics (Arrigoni et al., 2016; Benzoni, 2006; Benzoni, Arrigoni, Waheed, Stefani, & Hoeksema, 2014; Benzoni, Stefani, Pichon, & Galli, 2010; Kitano, Nagai, Ueno, & Yasuda, 2015; Lagman, Licuanan, & Chen, 2018; Nomura & Suzuki, 2013; Nomura & Suzuki, 2015) or past occurrence records (Uchida & Fukuda, 1989; Veron, 2000; Tachikawa, 2005; ReefCheck Kushimoto, 2014; Yasuda et al., 2014) as necessary.
3. The location (latitude and longitude) and survey period were obtained from the description in the Materials and Methods of each reference. Where no geographic coordinates or map of the study sites was provided, we obtained approximate coordinates from GSI Maps (https://maps.gsi.go.jp/, Geospatial Information Authority of Japan, Tsukuba, Japan) and Google Maps (http://maps.google.com/, Google Inc., Mountain View, CA, USA) using the site names and descriptions provided by the authors.
4. The published dataset of the datapaper was compiled into Darwin Core formatted species occurrence data using MySQL database.

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