Monitoring of deep-sea fish diversity using environmental DNA metabarcoding of pumped deep-sea water in Sagami and Suruga Bays, Japan - Biological Information System for Marine Life

概要

このデータベースでは、深層水より得られる深海性魚類の環境DNAについて扱います。深層水は、駿河湾焼津沖水深400mおよび相模湾赤沢沖水深811mにある取水口より採水されたものを分析しました。次世代シーケンスにより得られたデータをMioFishと照合し、全リード数の3%以上検出される種について列挙しました。

引用方法

Tsuchida, S., M. Kawato, T. Yoshida, Y. Fujiwara, Y. Nagano, and A. Yabuki. (2021) Monitoring of deep-sea fish diversity using environmental DNA metabarcoding of pumped deep-sea water in Sagami and Suruga Bays, Japan. Available at https://doi.org/10.48518/00005. Accessed on yyyy-mm-dd.

文献情報

データセットの元になった文献など、データを理解する上で重要となる文献の情報を表示しています。

Kawato, M., Yoshida, T., Miya, M., Tsuchida, S., Nagano, Y., Nomura, M., Yabuki, A., Fujiwara, Y. & Fujikura, K. (2021). Optimization of environmental DNA extraction and amplification methods for metabarcoding of deep-sea fish. MethodsX, 101238. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016121000315

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ライセンス

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連絡先

土田真二Resource Contact、Resource Creator、Metadata Provider

海洋研究開発機構

住所 :237-0061 日本神奈川県横須賀市夏島町2-15

電話番号 :+81-46-867-9558

Eメール :tsuchidas@jamstec.go.jp

データセット、データ提供機関・提供者 :

JAMSTEC

-Coastal Ecosystem Monitoring in the Tsugaru strait side of Shimokita

-E-library of Deep-sea Images, JAMSTEC

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 16S rRNA gene

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 18S rRNA gene

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 18S rRNA gene obtained from the 2022 cruise

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on megafauna occurrence

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on megafauna occurrence obtained from the 2022 cruise

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on physicochemical parameters and meiofauna community

-Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on physicochemical parameters and meiofauna community obtained from the 2022 cruise

-Image collection in the Coral Reef Network WEB System: A snapshot of the fauna and flora around the coral reefs of the Ryukyu Islands from 2002 to 2013

-Image dataset of ophiuroid and other deep sea benthic organisms in 2015 extracted from the survey off Sanriku, Japan, by the research following the Great East Japan Earthquake 2011

-JAMSTEC_MULTISPLASH2006_SagamiBay_Siphonophora

-Marine Biological Sample Database, JAMSTEC

-Metabarcoding data set at the Iheya-Minor Ridge in the Sakai hydrothermal vent field

-Occurrence dataset of demersal fish and benthic organisms in the deep-sea off the northeastern coast of Japan, recorded by ROV after the 2011 Earthquake off the Pacific coast of Tohoku

-Species list recorded by baited cameras at deep sea area in Japan

生物出現レコード　概要

生物出現レコード　→

[地図・概要]

■レコード数

48件

■レコード取得期間

2019/09/25 ~ 2019/09/26

* データの最終更新日 : 2021/03/09

■レコード取得範囲

緯度

34.83885333 ~ 34.8532

経度

138.3573167 ~ 139.1364983

水深

400 ~ 811 m

[環境情報]

[登録されている分類群情報]

■分類群数

32分類群

■種数

32種

Taxon level lower than family :100 %

Taxon level lower than species :100 %

学名一覧

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