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Monitoring of deep-sea fish diversity using environmental DNA metabarcoding of pumped deep-sea water in Sagami and Suruga Bays, Japan
概要
このデータベースでは、深層水より得られる深海性魚類の環境DNAについて扱います。深層水は、駿河湾焼津沖水深400mおよび相模湾赤沢沖水深811mにある取水口より採水されたものを分析しました。次世代シーケンスにより得られたデータをMioFishと照合し、全リード数の3%以上検出される種について列挙しました。
引用方法
Tsuchida, S., M. Kawato, T. Yoshida, Y. Fujiwara, Y. Nagano, and A. Yabuki. (2021) Monitoring of deep-sea fish diversity using environmental DNA metabarcoding of pumped deep-sea water in Sagami and Suruga Bays, Japan. Available at https://doi.org/10.48518/00005. Accessed on yyyy-mm-dd.
文献情報
データセットの元になった文献など、データを理解する上で重要となる文献の情報を表示しています。
Kawato, M., Yoshida, T., Miya, M., Tsuchida, S., Nagano, Y., Nomura, M., Yabuki, A., Fujiwara, Y. & Fujikura, K. (2021). Optimization of environmental DNA extraction and amplification methods for metabarcoding of deep-sea fish. MethodsX, 101238. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215016121000315
URL
ライセンス
This work is licensed under a
Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0 License
.
連絡先
土田 真二
Resource Contact、Resource Creator、Metadata Provider
組織名 : 海洋研究開発機構
電話番号 : +81-46-867-9558
住所 : 237-0061 日本 神奈川県 横須賀市 夏島町2-15
ホームページ :
Eメール : tsuchidas@jamstec.go.jp
データセット、データ提供機関・提供者 :
JAMSTEC
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Coastal Ecosystem Monitoring in the Tsugaru strait side of Shimokita
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E-library of Deep-sea Images, JAMSTEC
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 16S rRNA gene
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 18S rRNA gene
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on 18S rRNA gene obtained from the 2022 cruise
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on megafauna occurrence
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on megafauna occurrence obtained from the 2022 cruise
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on physicochemical parameters and meiofauna community
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Environmental baseline data in abyssal plain off Minami Torishima based on physicochemical parameters and meiofauna community obtained from the 2022 cruise
-
Image dataset of ophiuroid and other deep sea benthic organisms in 2015 extracted from the survey off Sanriku, Japan, by the research following the Great East Japan Earthquake 2011
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Images in Coral Reef Network WEB System, as a snapshot of fauna and flora around coral reefs in Ryukyu Islands
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JAMSTEC_MULTISPLASH2006_SagamiBay_Siphonophora
-
Marine Biological Sample Database, JAMSTEC
-
Metabarcoding data set at the Iheya-Minor Ridge in the Sakai hydrothermal vent field
-
Occurrence dataset of demersal fish and benthic organisms in the deep-sea off the northeastern coast of Japan, recorded by ROV after the 2011 Earthquake off the Pacific coast of Tohoku
-
Species list recorded by baited cameras at deep sea area in Japan
生物出現レコード 概要
生物出現レコード →
[地図・概要]
■
レコード数
48
件
■
レコード取得期間
2019/09/25 ~ 2019/09/26
* データの最終更新日 : 2021/03/09
■
レコード取得範囲
緯度
34.83885333 ~ 34.8532
経度
138.3573167 ~ 139.1364983
水深
400 ~ 811 m
[環境情報]
[登録されている分類群情報]
■
分類群数
32
分類群
■
種数
32
種
Taxon level lower than family :
100
%
Taxon level lower than species :
100
%
学名一覧
表示件数
10件
50件
100件
500件
/ページ
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こちら
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データセット
レコードID
緯度・経度
±ddd.dddddd(10進度)
±ddd-mm-ss.sss(度-分-秒)
ddd-mm-ss.sssX(度-分-秒と方位略称)
ddd-mm.mmmmX(度-分と方位略称)
年月日
yyyy年mm月dd日
yyyy-mm-dd
yyyy/mm/dd
時刻
hh時mm分ss秒
hh:mm:ss±hh:mm
24時間10進表記
深度
学名
在不在
利用目的
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