BISMaL上のデータには、大きく分けて、生物の出現記録と各分類群の情報があります。

生物の出現記録

　どんな生き物が、いつ、どこで、採集・観察されたかという記録であり、BISMaLが取り扱う情報のうち、もっとも重要なものです。それぞれの出現記録はDarwinCoreという形式でBISMaL上に蓄積されています。DarwinCoreには生物の学名、採集・観察の日時と場所のほか、同定者や出典、引用方法など様々な項目が含まれており、多様な情報を格納することが可能です。BISMaLではOBISが採用しているDarwinCoreスキーマに対応するデータが登録可能です。
　生物の出現記録は記録毎に閲覧が可能なほか、各分類群の記録を地図上で確認したり、一括ダウンロードすることもできます。
　観察と同時に環境値（水温や塩分など）が測定されている場合は、それらの値もBISMaL上で確認できます。また、BISMaLでは緯度・経度・深度・観察日の全てが揃っている出現記録については海洋環境データセットであるFORAを参照し、推定環境値を表示します。FORAと出現記録との照合においては、出現記録の緯度・経度・深度・日付はFORAのデータ解像度に合致するように調整されます。すなわち、緯度・経度は0.1°に切り下げられます。深度は最も浅い深度を代表値とし、その代表値を含むFORAの深度レイヤーが参照されます。出現記録が観察期間として記録されている場合、最も古い日付をデータ参照に用います。

各分類群の情報

分類情報

　BISMaLに登録された生物の分類群名と分類体系のことです。BISMaLには各分類群の有効名と異名（シノニム）情報が登録されており、各分類群はより上位の分類群に包含されるように整理されています。これは生物の出現記録を分類群単位でとりまとめて表示するとともに、シノニムでの検索・データ閲覧を可能にするためです。
　BISMaLの分類情報の整備は公表済みの学術文献に基づいて行われています（詳しくはデータの品質の項をご覧下さい）。しかし、生物の分類の仕方は研究者によって相違もあり、有効な分類群あるいは分類群名について専門家間のコンセンサスが得られていない場合もしばしばあります。BISMaL上の分類情報は、データを取り扱うための操作的なものでもあり、コンセンサスの得られた分類情報を過不足無く表現したものではないことにご留意下さい。 分類体系が不明な生物群を取り扱うためにBISMaLでは門、綱、目といった分類階級に変わりunrankedやuncertainを括弧付きで表記しています。（unranked）は、incertae sedisと併用して表記される事もありますが、既存の分類体系における階級が不明な場合に用いています。（uncertain）は、学術文献は存在するものの分類群の有効性が判断できない場合に用いています。
　異名（シノニム）には、その異名の種類を学名の後ろに表記しています。異名の種類には下記があります。

※上記を組合せて表記する場合もあります。
学術文献または書籍などから和名が分かる場合は、その和名を表記するとともに、その出典が参考文献に掲載されています。分類群に対して複数の和名が使われている場合はスラッシュ"／"で区切って表記してあります。分類学的再検討等で無効となった分類群で使用されていた和名については鉤括弧"[ ]"付きで表記しています。

代表画像と解説

　BISMaLでは分類群毎に代表画像と各分類群の形態や生態、分布などに関する簡単な説明を閲覧することができます。現在、代表画像や解説が登録された分類群は全体のごく一部ですが、徐々に整備が進められていく予定です。
掲載されている分類群が環境省や都道府県のレッドリストに掲載されている場合は、「日本における絶滅危惧情報」項目に情報を掲載しています。レッドリストの掲載情報は、環境省生物多様性センターが運用する生物の観察情報収集・提供システム「いきものログ」から提供されています（2023-05-18時点を参照）。

映像・画像

　深海生物の映像・画像については、海洋研究開発機構によって取得され、国際海洋環境情報センターの深海映像・画像アーカイブス上で公開されているものがあります。こうした深海生物の映像・画像についてはBISMaL上で閲覧することが可能です。BISMaLでは各分類群のページにおいて、閲覧可能な映像・画像のリストが表示されます。

参考文献

　各分類群の学名の出典や解説記載時に参考とした文献の情報を明示するため、BISMaLは参考文献の情報が登録されています。登録された文献情報は各分類群のページで確認することができます。

出現記録

生物の出現記録のそれぞれについては、スペルミス、日付や緯度・経度の不正な値、採集・観察場所と緯度・経度の矛盾などについての基本的なチェックが随時行われています。しかし、データの矛盾やエラーは潜在的に起こりうることであり、上記はデータの絶対的な正しさを保証するものではないことにご注意下さい。一方、データの矛盾・エラーに関する利用者からのフィードバックはデータベース全体の信頼性を高める上で大いに有用です。何かお気づきの際には問い合わせ先までお知らせ下さい。

分類情報と解説

　BISMaL上の生物の分類群名は公表された学術文献、および関連分野の研究者の助言に基づいて体系的に整理され、必要に応じて、シノニム情報とともに登録されています。また、その際に用いられた文献情報は各分類群の参考文献として登録されます。
　採用する分類体系や有効な名前の判断については専門の研究者の間でもしばしば意見が異なる場合があります。こうした問題は生物学上の議論を通して解決されるべきものです。したがって、BISMaL上の分類情報はその絶対的な正しさを保証するものではありません。分類群名や分類体系は研究者の判断基準や見方によって異なり、研究の進展によって変化しうるものであることにご留意下さい。BISMaL上の分類情報に関して有用な情報をお持ちの場合、情報の元となった文献（論文・書籍・データベース）とともに問い合わせ先までご連絡下さい。

　BISMaLおよびBISMaLから提供されるデータは研究や教育目的の非営利活動のために自由に利用していただくことができます。ただし、BISMaL上のデータを利用する際には個々のデータ提供者・提供機関にコンタクトすることを推奨いたします。利用したいデータの提供者・提供機関がはっきりしない場合にはBISMaL管理チームまでお問い合わせ下さい。また、BISMaLおよびBISMaLから提供されるデータの営利目的での利用を希望される場合も事前に問い合わせ先までご連絡・ご相談下さい。
　BISMaLから提供されるデータには、学名、地理学上の照合、データの取扱等におけるエラーが潜在的に起こり得ます。そうした潜在的なエラーおよびそれに起因するデータ利用時の問題について、BISMaLの運用主体であるJAMSTECおよびBISMaLへのデータ提供機関・データ提供者は責任を負いません。なお、BISMaL経由で提供されるデータの利用について、J-OBISのサイトもご参照下さい。
　BISMaL上のデータの利用や解析には、十分な注意に加え、背景となる海洋生物多様性に関する知識が必要です。実際の利用にあたっては利用者の責任においてご利用下さい。

　BISMaLが提供している画像、映像、生物出現記録の著作権・所有権はそれぞれのデータ提供者・データ提供機関に帰属します。この点に関してはJ-OBISのサイトもご参照下さい。各データの提供元については、画像データの場合は画像の下部に、生物出現記録の場合は各データの詳細ページの "references" の項目に明示されている場合があります。それぞれのデータの内容や利用などの詳細について確認したい場合には各データ元にお問い合わせ下さい。また、データ元がはっきりしない場合には、こちらの問い合わせ先にお問い合わせ下さい。

　BISMaL上の生物出現記録のデータ・データセットを引用する際には、データ提供元を明示した形での引用をお願いします。BISMaLでは各生物出現記録の引用表記をDarwinCoreの "bibliographicCitation" 項目に記載することをデータ提供元に推奨しております。引用の際には、まず使用するデータの "bibliographicCitation" 項目をご確認下さい。
　また、上記とは別にBISMaL全体を引用する際には下記のフォーマットをご利用下さい。

Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology (2009 onwards).
Biological Information System for Marine Life at
https://www.godac.jamstec.go.jp/bismal/. Accessed on yyyy-mm-dd.