基本的な調べ方（OBISトップページからSearch（検索）の使い方）

海洋生物の分布を調べる

OBISを活用する最たる目的は、任意の海洋生物の情報を収集することであろう。OBISのトップページからは任意の海洋生物の情報を簡単に取得することができる。今回はアカウミガメ（Caretta caretta、アカウミガメ、loggerhead sea turtle）を例に紹介する。

OBIS トップページ右上の「Search」アイコンを選択すると検索窓が表示される。検索窓左側のプルダウンメニューから「Scientific name]を選択し、検索窓に学名（例：Caretta ca…） を入力してSearchボタンを押下すると、候補が一覧で表示され、選択するとCaretta carettaに属する情報が表示される。
ページ最上部に分類学的な基本情報、分類階層が示され、その下に「WoRMS」、「NCBI」「Open in mapper」「Explore occurrences」といったアイコンが並ぶ。「WoRMS」を選択するとWoRMSのデータベースでアカウミガメの情報（分類学的情報）を知ることができる。
その下には、OBISに格納されたデータを可視化した資料（出現分布地図、観測記録の推移や環境条件のグラフ等※）が表示されている。出現分布地図では、OBIS に登録された観察地点を地理的に確認でき、地図を通して種の分布傾向や観測密度の偏りを視覚的に把握できる。
ページ下部には、その分類群（またはその下位の分類を含む）に関する観察記録やデータセット（リンク）のリストが表示されている。
※可視化された地図やグラフ等の資料等は、OBISに報告された記録による可視化であり、その種のデータの記録量や性質によっては表示されない場合もある。

研究利用のユーザーはさらに踏み込んで、グリッド化されて表示されたデータそのものにアクセスしたいと思うかもしれない。その場合、ページ上部の地図右上にある「Open in mapper」アイコンを押下すると OBISが提供するｍapper に遷移し、データを取得できる。ｍapper ではTaxonomy（カテゴリー）、地理、時間、品質などのフィルタに加えて、拡張データ（例：環境測定値、遺伝子由来データ）も取得可能である。詳しくは「OBISのmapperを使う」を参照。
和名で検索したい場合は、検索窓の左側のSearch forのプルダウンメニューを「Common name」に変更し、検索窓にアカウミガメと入力して検索する。結果の見方や、データの取得方法は学名の場合と同じである。

アカウミガメの生物観察記録に限定せず、アカウミガメに関するデータセット（調査や研究単位でまとめられたデータの集まり）を取得したい場合は、データセットの検索を行う。 プルダウンメニューを「Dataset」に変更し、検索窓に 関連する語彙(例：Loggerhead など）を英語で入力すると、関連するデータセットが一覧で表示される。データセットのデータを利用したい場合は、「データセットから取得する」を参照のこと。

特定の海域の生物を調べる（Areaメニューを使う）

OBISを活用する目的の1つとして、興味のある地域（海域）の情報を取得する事が考えられる。例えば、特定の海域における保全政策立案のための基礎データ取得や、調査計画策定のための事前情報整備などがありえる。 特定の海域の生物を調べたい場合、OBIS トップページ右上の「Search」アイコンを押下し、表示された検索窓左側のプルダウンメニューで「Area」を指定し、右側の検索窓でキーワードを入力することで、さまざまな海域情報を得ることができる。

例えば、検索窓に「Ogasawara Islands」と入力したときの検索結果では、「MWHS」（海洋世界自然遺産）としての情報や、「EBSA」（生態学的・生物学的に重要な海域）としての情報を得ることができる（検索結果の名前の横にMWHS、EBSAといったラベルが表示される）。それぞれでOBISに報告されている生物出現記録の総数、種数、分類群数、関連するデータセット数などを知ることができる。 他にも、右検索窓に「ABNJ」と指定すれば、国家管轄権外区域の情報を得ることができる。

※以前の「Areas:MWHS」「Areas:ABNJ」などの機能は、「Area」に統合されている。

データを取得する

データセットから取得する

OBISから取得できるデータはOBIS自身が統合したデータのほか、各ノードが提供する生に近いデータもある。OBISが統合したデータは、後述のmapperやRを利用して取得する。ここでは、特定のデータセットを選択した後にデータを取得する方法について説明する。例として「Marine Biological Sample Database, JAMSTEC」のデータセットをもちいる。Datasetの検索については、上記「海洋生物の分布を調べる」のパートを参照。

ページ上に表示される「Overview」タブには、「データセットの概要」が、続いて「Citation」には引用時の表記、「Published」にはデータセットの公開日時が記されおり、その下の「URL」は、各ノードのIPTサイトのアドレスとなっている。 データセットの概要の右側には、生物出現記録の総数や種数などのデータが表示されているほか、ページ中央には観測密度の高いエリアを示す地図や経年グラフ、データセットの分類群階層を円形に展開して視覚的に把握できるチャート図などが表示されている。海洋の生物多様性データを扱う際、「taxa の多様性（どれだけ多くの分類群が記録されているか）」は重要な指標となる。ここに示されているTaxa 円チャートによって、データセットに含まれる分類群の構成を概観できる。

前述した「URL」を押下して、各ノードのIPTサイトにアクセスし、OBISが統合する前段階のデータセットの詳細なメタデータ「データセットの概要」を調べることが可能である。また、このリソースの最新データをDwC-A形式として、またはリソースのメタデータを「EML形式」 または「 RTF 形式」でダウンロードすることができる。 DwC-Aのファイルにアクセスする最大の意義は、それらのデータがOBISへの統合化プロセスを経ていない点にある。統合化はデータの横断的検索や取扱の一元化など大きなメリットをもたらす。一方で、それぞれのデータが取得された条件や研究プロセスが利用目的に合致しているかを精査したい場合や、OBISのデータ統合化プロセスによって切り落とされたデータのレスキュー（つまりDwC-Aの方がデータ数が多い事がある）を実施したい場合は、生データに近いDwC-Aファイルへアクセスすることには大きな意味がある。

参考までに、Datasetページのデータセット名の下には、「Open in mapper」と「Explore occurrences」アイコンが表示されており、それぞれを押下すると、

• 「Open in mapper」→OBISのmapperに移行（次節で説明）
• 「Explore occurrences」→このデータセットに含まれるレコード一覧を表形式で見ることができる。行ごとに「観察日」「経度・緯度」のほか、右側へスクロールすることで、他の項目も見えるようになっている。

「mapper」を使う

OBISのmapperによる典型的な利用方法は、興味のある学名・期間・地域・水深でデータを絞り込んだ上で、データを可視化し、データを取得することであろう。mapperの「+」タブから絞り込みが可能である。
「Scientific name」には学名を頭から数文字程度入力すると候補が表示される。この候補の中から学名を選択すると、その学名のデータが選択される。この他、「Time range」や「Depth range」タブからは海洋生物が観測された期間や水深範囲をスライドバーで絞り込むことができる。「Extensions」タブにある「MeasurmentOrFact」は生物観察記録に関連づけられた水温、塩分、生物測定データなどがある場合に取得することができる。「DNADerivedData」は環境DNAなどのDNA関連データがある場合に用いる。 「Options」の「only Red List species」をチェックすると、例えば、特定の海域でデータを絞り込んだ状態で、IUCN絶滅危惧種のみのデータに絞り込むことができる。地図画面左上のポリゴン（多角形線画ツール）を押下し、地図上で任意の形状に描画することで、特定の形状の地域のデータを絞り込むことができる。

mapperは、デフォルトではグリッド表示になっており、色の濃淡がグリッド内のデータ数を表している。より見やすくするため、右側のパネルの「Layers」タブに移行し、「メニュー」ボタンから「Toggle points」を選択すると、データが点として表記される。さらに、レンチマークの「Options」タブからmapperの背景地図を変更することができ、例えば、「Esri.WorldImagery」などを選択すると見た目上もイケた表示となる。

最後にデータのダウンロード方法を説明する。mapperはデータを検索し、絞り込みを行い、そして、表示するのに適しているが、海洋生物研究といった一歩踏み込んだ利用のためには生物出現記録を自身の環境に取得して精査し、解析目的に応じた加工することも必要となるだろう。「Layers」タブに移行し「メニュー」ボタンから「DownLoad」を選択し、OBISの求めに応じてデータ利用者自身のメールアドレスを入力する。OBISサーバにてデータ提供の準備が整うとメールにダウンロード用のURLが届く。要求したデータ規模が小さい場合は、データ取得要求後しばらくしてmapperの画面からダウンロードが可能となった旨が表示される。データ提供準備に時間がかかる場合、適当なタイミングでメールにてデータ取得用のアドレスが届く。あとは、誘導に従い、ダウンロードを実行する。

OBISへ連絡を取る・OBISの一員になる

OBISのデータを使うためのデータ検索方法やデータ取得方法を説明してきた。しかし、データ取得後に利用者自身の専門的知見を用いてのOBISデータの検証やデータクリーニングを実施することは極めて重要である。データについて確認を要する事項が発生した場合は、それぞれのデータ提供者、または、データを提供した各国ノード担当者に連絡することが可能である。

OBISは、世界各地で行われた科学的知見を、誰もが利用できる形で集積・公開するという共通目的のもとで運営されてきた。もし、OBISデータ利用者が、利用者から一歩踏み出してデータ提供者になるなら、それは、OBISがカバーできていない時空間のピースを埋めることになる。