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J-OBISは海洋生物学の視点からクオリティコントロールされた、海洋生物の生物出現記録のデータを受入れます。データ形式はJ-OBISが指定した項目を含むDarwinCoreフォーマットとし、受入れにあたってはJ-OBIS推進委員会で受入れの可否を審査します。

なお、J-OBISはデータに対して、いかなる所有権も主張しません。データに付随する知的財産権はデータ提供機関・提供者に帰属することとします。ただし、J-OBISは、データ提供機関・提供者に対しクリエイティブコモンズライセンス (CC-0、CC-BYまたはCC-BY-NC) の選択を求め、選択されたライセンスの下でJ-OBIS及びJ-OBISがデータを提供した第三者がデータを利用することへの同意を求めます。
その他、OBISのデータポリシー（OBISにおけるデータの共有と利用に関するガイドライン）および下記の条件を認識し、同意していただく必要があります。

• J-OBISは、そのデータの蓄積、外部への公開、OBISへの提供のために海洋研究開発機構のデータシステムであるBISMaLを利用します。J-OBISにデータを提供する提供機関・提供者は、BISMaLにログインして自らのデータを自分自身で登録、修正、削除するなど、自己責任でデータのメンテナンスを行うこととします。
• J-OBISは、受入れたデータのBISMaLを介した外部への公開、OBISへの提供、および、OBISと協力協定を結んでいる地球規模生物多様性情報機構 (Global Biodiversity Information Facility：GBIF) への提供をデータ提供機関・提供者に対して薦めます。
• J-OBISは、データ提供機関・提供者からの申し入れがない限り、受入れたデータを継続的に保存し、外部への公開、および、OBIS・GBIFへの提供を行います。
• J-OBISは、受入れたデータに対して何らかの問題が生じた際、データ提供機関・提供者に対して連絡し、必要に応じて、その修正・削除を求めることがあります。また、急を要する際には、データ提供機関・提供者の承諾を得ずに、当該のデータの一部もしくは全部を非公開にする場合があります。さらに、J-OBISは問題が生じたデータのデータ提供機関・提供者と連絡がつかない場合、推進委員会における審議に基づいて、データの一部もしくは全体を削除する場合があります。
• J-OBISは、データ提供機関・提供者が自らのデータを大規模に修正、改変あるいは削除する場合、データ提供機関・提供者がJ-OBISに通知することを要請します。